西历2079年，地球进入了人类历史上最为黑暗的时刻。迷之机械细胞群突然蜂拥而至，世界各国陷入了惊恐之中。人类动用了最后的破坏力量，引发了一场惊天动地的战争。地球上的大部分土地都被海水所淹没，只有少数地区成为了人类避难的所在。经过了3年的和平建设，人类以为已经摆脱了危险，但是卷土重来的敌人再次出现。为了保卫人类的未来和希望，一艘秘密航空巡洋舰“攻龙”在曰本秘密出发。这艘航空巡洋舰是曰本历史上最为强大的战斗机，拥有着各种各样的先进设计，其中就包括了音速加速器。操纵着这艘巡洋舰的是三位年轻的少女，她们是樱野音羽、园宫可怜和一条瑛花。她们被称为SKYGIRLS的驾驶员，是人类战斗中最为重要的力量。当她们展翅高飞的时刻到来，便有着无穷的力量和信仰，人类的未来就掌握在了她们神圣的手中。g